随着后续研究，人们发现氨基酸不仅可作为植物有机氮源，发挥着一定的肥效作用，同时还兼具参与蛋白质合成，调节、促进植物生长等多重作用。氨基酸肥料到底有没有用？怎么用效果才好？
一、氨基酸可对土壤进行改良
促进土壤团聚体的形成：土壤团聚体是土壤结构的基本单位。使用氨基酸，可改变土壤中含盐过高、碱性过强、土粒高度分散、土壤结构性差的理化性状，促进土壤团聚体的形成，施用氨基酸后，土壤容重明显下降，土壤总孔隙度和持水量相应增加，有助于提高土壤保水保肥的能力，从而为植物根系生长发育创造良好的条件。
二、氨基酸对土壤微生物区系及酶活性的影响
土壤微生物是土壤组成成份中的重要原因之一，对土壤有机无机质的转化，营养元素的循环；以及对植物生命活动过程中不可少的生物活性物质----酶的形成均有重要影响。氨基酸能促进土壤微生物的活动，增加土壤微生物的数量，增强土壤酶的活性，国内外大量研究资料证实，施用氨基酸可使好气性细菌、放线菌、纤维分解菌的数量增加。对加速有机物的矿化，促进营养元素的释放有利。
三、氨基酸对化学肥料有增效作用
1、对氮肥的增效作用
尿素、碳铵及其它小氮肥，挥发性强，利用率较低，农民普遍认为其“暴、猛、短”，而和氨基酸混施后，可提高吸收利用率20～40％（碳胺释放的氮素被作物吸收的时间20多天，而与氨基酸混施后可达60天以上）。还有氨基酸对土壤中潜在氮素的影响是多方面的，氨基酸的刺激作用，使土壤微生物流行性增加，导致有机氮矿化速度加快，氨基酸具有较高的盐基交换量，能够减少氮的挥发流失，同时也使土壤氮的含量有所提高。
2、对磷肥的增效作用
氨基酸对磷肥作用的研究，国外已进行多年，我国也进行了这方面的研究，结果表明，不添加氨基酸，磷在土壤中垂直移动距离3～4cm，添加氨基酸后可以增加到6～8cm，增加近一倍，有助于作物根系吸收，氨基酸对磷矿的分解有明显的效果，并且对磷的保护作用和减少土壤对磷的固定上以及促进作物根部对磷的吸收，提高磷肥的利用吸收率均有极高的价值。
3、对钾肥的增效作用
氨基酸对钾肥的增效作用主要表现在：氨基酸的酸性功能团可以吸收和贮存钾离子，防止在沙土及淋溶性强的土壤中随水流失，又可以防止粘性土壤对钾的固定，可对含钾的硅酸盐、钾长石等矿物有溶蚀作用，可缓慢分解增加的释放，从而提高土壤钾的含量。
4、对微肥的增效作用
作物生长，除氮、磷、钾三大元素外，还需钙、硅、镁、硼、锰、铜、锌、钼等多种中量、微量元素，它们是作物体内多种酶的组成成份，对促进作物的生长发育，提高抗病能力，增加产量和改善品质都有非常重要的影响。有时不是土壤中缺乏微量元素，而是可被植物吸收的有效部分含量太少。氨基酸的施用，可与难容性微量元素发生螯合反应，生成溶解度好易被作物吸收的氨基酸微量元素螯合物，有利于吸收，并能促进被吸收的微量元素从根部向地上部位转移，这种作用是无机微量元素肥料所不具备的。
四、氨基酸对农作物生长发育的作用
氨基酸含有多种官能团，被活化后的氨基酸成为高效生物活性物质，对作物生长发育及体内生理代谢有刺激作用，活化后的氨基酸高效生物活性物质按一定浓度采用浸种、浸根、蘸根、喷酒、浇灌、做底肥等方式，对各种作物都有明显的刺激效果。综合表现在对根系发育的促进，对作物产量、质量都有良好的影响。
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